مرقد این سید بزرگوار سالیان درازی است که  محل زیارت تشنگان و شیفتگان ولایت و امامت بوده و همه روزه  زائران زیادی از شهر ها و روستاهای اطراف جهت زیارت و بر آورد ه شدن حوایج شرعی به مکان مقدس مشرف می شوند و در تمام روز های ایام الله این مکان مملو از عاشقان وی لبریز  وبرای ادای واجبات شرعی لحظه ای خلوت نمی شود . کلیه مراسمات دینی و مجالسات در این حرم صورت می گیرد .این زیارتگاه ابتدا به صورت بقعه که این محل گورستان  بوده ولی با مرور زمان ساختمان آن تغییر و تجدید بنا شده و یکی از زیباترین محل عبادت و زیارت عام و  خاص است . این زیارتگاه از یک شبستان کوچک و بزرگ و حسینیه بزرگ که آئینه کاری و کاشی کاری شده وبا گچبریهای خاص تزیین شده و با سبک اسلامی بنا گردیده است . تجدید بنا کلی حرم و امامزلده سید میر هادی در جوارش در سال اخیر به اتمام رسیده است . این بزرگوار در سده چهارم –هجری به شهر خوی آمده و در این شهر اقامت کرده است . از آنجائی که امام رضا ( ع ) بدست مامون خلیفه عباسی به شهادت می رسد  اولاد علی (ع) بطور کلی علویان مورد تعقیب و اذیت قرار می گیرند و این سختگیریها در زمان معتصم بیشتر شده و در زمان متوکل عباسی رو به فزونی می گذارد .تا حدی که امام علی النقی (ع) مجبور به هجرت می شوند و جلای وطن نموده و برای نشر شریعت اسلامی و حفظ دین و جان همراهان خود راهی شهر های مرزی می شوند بیشتر خاندان علوی در این منطقه مسکن می گزینند.در آن زمان شهر خوی که از همه مزایا بر خور دار بود بخوی مشرف و مورد احترام و تکریم واقع می شوند و در زمان اقامت رحلت یا شهید شده اندو یارانشان نمی توانستند آرامگاهی برا یش  که درشان و مقام شهیدان بنا نمایند تا این که در زمان شاه اسماعیل صفوی که مذهب شیعه را در ایرا ن رواج داد و مذهب رسمی اعلام کرد در این عصر مزار شهیدان شناسایی و آرامگاهی برای آنها ساختند از آن پس توسط عاشقان ولایت و امامت در احداث و تعمیر و تکمیل این آرامگاه صورت گرفته است .مرحله اول بنا قبل از 1300—مرحله دوم 1312 مرحله سوم 1358 و مرحله چهارم عصر حاضر می باشد .در این حرم ملکوتی امام شهید علی ا لنقی(ع) بافرماندار شهید کوچری و دادستان شهید حاجی قلی زاداه و صد ها شهید گلگون کفن ولایت و اما مت که در راه اسلام ودین به درجه شهادت نائل آمده اند آرامیده اند .روحشان شاد.شجره نامه این سید بزرگوار فرزند زهرای اطهر که بصورت کاشی کاری شده در بالای درب ورودی صحن کوچک نصب گردیده است .معمار مشهور بنا هایامامزاده ها اقای حاج عباس الهورنلو با قربتا الی الله ساخته اند  .بنای حرم 235 متر مربع می باشد .